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疫情期间停薪留职的处理措施是：企业因受疫情影响导致生产经营困难的，可以通过与职工协商一致采取调整薪酬、轮岗轮休、缩短工时等方式稳定工作岗位，尽量不裁员或者少裁员。符合条件的企业，可按规定享受稳岗补贴。企业停工停产在一个工资支付周期内的，企业应按劳动合同规定的标准支付职工工资。
找法网提醒，超过一个工资支付周期的，若职工提供了正常劳动，企业支付给职工的工资不得低于当地最低工资标准。职工没有提供正常劳动的，企业应当发放生活费，生活费标准按各省、自治区、直辖市规定的办法执行。
二、停薪留职一般不超过二年。停薪留职是指为了使特定职工有期限离岗停薪并保留职工身份，而由用人单位与该职工依法签订的，约定停薪留职期间双方相互权利和义务的合同，协议有效期一般不超过二年。
有的企业出现经营困难或公司暂时不需要太多员工，但又不影响裁员所以实行了停薪留职，大部分公司会给员工每月发放基本生活费和五险一金，并且会鼓励员工其他公司工作，这样不会对企业造成任何损失。
三、停薪留职五险一金由劳动者自行负责。参加基本养老保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费满十五年的，按月领取基本养老金，参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇。